Trong những năm thi đấu cho US Cap-Ferret, Papin tranh thủ thi lấy bằng Huấn luyện viên. CLB đầu tiên mà ông dẫn dắt là FC Bassin d'Arcachon, một đội thi đấu tại Division d'Honneur (Giải hạng 6 Pháp) nằm tại miền Tây nước Pháp. Dưới sự dẫn dắt của ông, đội đã giành được cúp vùng Nouvelle-Aquitaine cũng như quyền thăng hạng, lên chơi ở giải CFA 2 (hạng 5) ở mùa bóng 2004-2005.

Đội bóng chuyên nghiệp đầu tiên mời ông về huấn luyện là RC Strasbourg tại mùa giải 2006-2007 ngay sau khi họ bị xuống hạng. Papin đã lèo lái đội khá thành công, giúp đội trở lại Ligue 1 chỉ sau đúng một năm thi đấu tại giải hạng hai. Nhưng tại cuối mùa bóng này, vì một số vấn đề nội bộ mà ông không tiếp tục dẫn dắt đội. Trong mấy tháng thất nghiệp, nhiều thông tin tuyên bố đội Trung Quốc có mời ông về làm Huấn luyện viên trưởng đội tuyển quốc gia nước này nhưng ông từ chối. Ông cũng từ chối về dẫn dắt FC Nantes Atlantique.

Khi giải vô địch Pháp năm 2007-2008 khởi tranh được 4 vòng đấu, ông chính thức thay thế huấn luyện viên gạo cội Guy Roux về cầm quân RC Lens sau những kết quả khá thất vọng của đội này tại đầu mùa bóng. Nhưng Papin cũng không thể giúp đội giành quyền trụ hạng thành công với lực lượng cầu thủ không phải do ông lựa chọn trước khi mùa giải diễn ra. Kết thúc mùa bóng ông thôi giữ chức huấn luyện viên trưởng của RC Lens. Ngay sau đó ông có một số lời đề nghị khác (như của FC Nantes Atlantique hay Châteauroux[1]) nhưng sau kinh nghiệm trên ông đều từ chối khi đánh giá chưa tìm được đội bóng và môi trường làm việc thích hợp.